為什么有的基因定位結果與預想的不一致?
對于一個特定的定位載體,只要熒光表達較好,其定位結果是確定的,不會隨人為意愿或操作而改變。至于有時候和預想的結果不一樣,可能和蛋白本身、選擇的表達載體以及熒光蛋白融合方式等有關。
為什么有的普通定位結果出來后無法準確判斷其定位位置?
細胞中的細胞器復雜且多樣,除一些常見的、特征比較明顯的細胞器外,蛋白互作,有些細胞器在激光共聚焦下形狀比較相似,例如:線粒體、過氧化物酶體、高爾基體等細胞器,它們的熒光表達形狀可能都是點狀,因此不易區分。這時可以結合基因的其他功能研究來判斷其可能表達的位置。另外,蛋白表達本身也是一個復雜的過程,涉及到多個合成場所及轉運過程,自身表達情況可能比較復雜,因此不易判斷具體的表達位置。
標準分類器在蛋白質亞細胞定位中的評估:Debasish Mohapatra 等人對三種標準分類器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白質亞細胞定位預測中的性能進行了比較。實驗結果表明,SVM 在準確性和宏觀平均精度方面表現較好,而 CART 在宏觀平均召回率和宏觀 F1 分數方面表現較好。
基于 AdaBoost Learner 的蛋白質亞細胞定位預測:Yu-Huan Jin 等人介紹了一種基于 AdaBoost Learner 的蛋白質亞細胞定位預測方法。該方法利用蛋白質的氨基酸組成進行預測,通過 Jackknife 交叉驗證和獨立數據集測試表明,AdaBoost 是一種穩健有效的模型,預測準確率高于其他現有預測器。
基因法轉化洋蔥表皮細胞:
分別用70%乙醇和滅菌蒸餾水清洗金粉(直徑為1 μm),加入滅菌蒸餾水制成金粉懸浮液,取100 μL 放在含有1.0 cm2 洋蔥表皮的玻璃皿中,邊振蕩邊加入10 μL pCambia2301-GaMYB2-GFP質粒,逐步加入40 μL 0.1 mol·L-1 亞精胺和100 μL2.5 mol·L-1 CaCl2,振蕩混勻。基因GDS-80轟擊時氦氣罐的氣壓為1 300 psi,取10 μL DNA 包裹好的微粒懸浮液加到基因中央,進行轟擊,之后放置25℃避光過夜培養,使用ConfocalLaser激光共聚焦顯微鏡觀察。
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